Ini sebab kenapa Megan Fox dibuang dari ‘Transformers’. Paramount menerbitkan francais besar mereka, Transformers pada 2007 dengan gandingan Shia LaBeaof dan Megan Fox sebagai watak utama. Kedua-dua bakat besar ini berjaya membawa keuntungan kepada Paramount apabila filem Transformers berjaya mengaut keuntungan lebih USD700 juta. Sekuelnya pula yang diterbitkan pada 2009 berjaya mengutip kutipan jauh lebih tinggi.
Namun, perjalanan Megan Fox hanya terhenti di filem kedua sahaja apabila watak Mikaela tidak dikembalikan dan digantikan dengan watak Carly lakonan Rosie Hungtinton-Whiteley. Keretakan kisah cinta Mikaela – Sam hanya diperjelaskan sedikit saja dalam filem Dark of the Moon. Namun, apakah punca Megan Fox tidak kembali?
Pada 2009, Megan Fox mencetuskan kontroversi apabila membandingkan gaya pengarahan Michael Bay dengan Hitler dalam sebuah temubual bersama Wonderland.
Lihat siaran ini di Instagram
He wants to be like Hitler on his sets, and he is. So he’s a nightmare to work for.
Ketika filem Transformers: Dark of the Moon hangat diperkatakan, Megan Fox menyatakan dia memilih untuk keluar dari francais tersebut. Namun, pelbagai laporan menyatakan bahawa dia hanya cuba menyembunyikan sesuatu.
Pada tahun 2011, Michael Bay akhirnya mendedahkan bahawa penerbit eksekutif filem berkenaan, Steven Spielberg mengarahkan dia untuk memecat selepas komen panas itu berlegar semasa tayangan filem Revenge of the Fallen.
Michael Bay tidak ada sebarang masalah dengan Megan Fox tetapi sebaliknya, Spielberg yang mungkin terasa dengan perbandingan Hitler-Nazi berkenaan kerana dia juga ialah seorang pengganut Yahudi.
Megan Fox kemudiannya muncul dalam filem Teenage Mutant Ninja Turtles yang turut diterbitkan oleh Michael Bay. Ketika dia membintangi filem Bad Boys 2 yang diarahkan Michael Bay, wataknya juga pernah menjadi kontroversi apabila melibatkan adegan seksi melibatkan kanak-kanak.